Әдістемелік кеңес медресенің әр түрлі қызметтері мен бөлімдерінің білім беру бағдарламаларын ғылыми-әдістемелік қамтамасыз етуді дамытуға, оқу үдерісін тиімді ұйымдастыруды және педагогикалық кадрларды әдістемелік оқытуды үйлестіреді. Кеңестің негізгі міндеттері: 1)  оқу үрдісін әдістемелік қамтамасыз етудің сапасын бақылауды ұйымдастыру; 2)  медреседе жарияланған оқу, оқу-әдістемелік және ғылыми-әдістемелік әдебиеттерді, оқу құралдарын және басқа да материалдарды жариялауға арналған